Новый старт в Беллвуде
16-летний Бен Теннисон, обладатель Омнитрикса, переезжает в Беллвуд. Устройство обновлено до версии "Омнитрикс Перезагрузка", открывая доступ к новым инопланетянам. Бен встречает нового напарника - грубоватого, но преданного уморигана Рока Бланко. Их первая совместная операция - противостояние банде преступников-инопланетян "Психо-бобры".
Против Инкуберов
Главная угроза сезона - древняя раса Инкуберов, стремящихся поглотить вселенную. Их лидер, Малвэй, похищает Куа Гона, наставника Бена. Команда (Бен, Гвен, дедушка Макс, Рок, Купер) расследует деятельность Инкуберов. Они узнают о плане Малвэя использовать "Пожирателя миров" для уничтожения реальности. Бену приходится объединиться со своим будущим "злым" аналогом - Беном-злодеем.
Тайна Прото-Трикса
Всплывает информация о "Прото-Триксе" - прототипе Омнитрикса, созданном мехаморфом Сервисом Прайм. Его крадет амбициозный охотник за головами Кей Сир. Прото-Трикс нестабилен и опасен. Бен и Рок преследуют Кей Сира через разные галактики, пытаясь предотвратить катастрофу. В итоге Прото-Трикс уничтожается, но Кей Сир остается на свободе.
Война за Беллвуд
Инкуберы атакуют Землю, осаждая Беллвуд. Малвэй захватывает контроль над Омнитриксом Бена-злодея. Начинается масштабная битва. Местные жители, Плимфы, Ксенон и другие союзники объединяются с командой Теннисон. Рок жертвует собой, чтобы спасти Бена от смертельного удара Малвэя, временно исчезая в измерении Нулл-войд.
Финальная Конфронтация
Бен проникает в цитадель Малвэя в измерении Инкуберов. Он использует силу нового инопланетянина Фьюжн-Спитера, чтобы разрушить щит Пожирателя миров. В решающем бою Бен (как Фаербол) и Гвен (с магией Анаррих) совместно побеждают Малвэя. Рок возвращается из Нулл-войда. Омнитрикс эволюционирует, открывая режим "Омни-усиления". Мир спасен, но Бен понимает, что его миссия защищать галактику продолжается.
Смысл сериала
История подчеркивает ценность верности и умения доверять – напарничество Бена и Рока трансформируется в крепкую дружбу, несмотря на различия. Сериал затрагивает бремя взросления: Бен учится принимать последствия своих решений уже не как ребенок. Через конфликты с будущими версиями себя и сложный выбор поднимается тема самоопределения. Ключевая идея – сила рождается не только в устройстве, но и в ответственности за тех, кого защищаешь, и в готовности к самопожертвованию ради общего блага.