Начало космической эры и катастрофа
Космический крейсер «Макросс», созданный на основе инопланетного корабля, совершает первый испытательный полет. Однако внезапно появляется гигантский корабль пришельцев Зентради. «Макросс» автоматически активирует орудия и уничтожает корабль, что становится началом полномасштабной войны между человечеством и Зентради.Молодой пилот Хикару Ичидзё и начинающая певица Линн Минмэй оказываются запертыми на борту «Макросса», который совершает случайный сверхсветовой прыжок к Плутону. Экипаж корабля понимает, что стал единственной надеждой на выживание человечества перед лицом технологически превосходящего врага.
Война с Зентради и открытие
Зентради, гигантские воины-мужчины, никогда не сталкивались с такими понятиями, как культура, эмоции или любовь. Их цивилизация существует исключительно для войны. Появление на поле боя Линн Минмэй и её музыка deeply confuse их.Командир «Макросса» предлагает использовать музыку как оружие. Трансляция выступлений Минмэй вызывает смятение в рядах Зентради. Некоторые из них, включая офицера Камджина Кравшера, начинают испытывать непонятные им чувства.
Любовный треугольник и опустошенная Земля
Хикару разрывается между чувствами к яркой, но инфантильной Минмэй и старшим офицером Мисой Хаясе, с которой его сближает общая доля войны. Война достигает Земли. Флот Зентради уничтожает планету, превращая её в выжженную пустыню.«Макросс» и его гражданское население становятся последним оплотом человечества. Хикару и Миса, оказавшись на разрушенной Земле, совершают открытие. Они находят древний город Протокультуры, предков как людей, так и Зентради.
Кульминация и примирение
Открытие становится ключевым. Люди и дезертиры-Зентради во главе с Кравшерой и Милой Филлина объединяются. Они транслируют сигнал с записью песни Минмэй и данными о Протокультуре на весь флот Зентради.Верховное командование Зентради, видя угрозу своей догме, атакует собственных мятежников. Начинается грандиозная битва. В решающий момент Минмэй исполняет свою легендарную песню «Do You Remember Love?», обращаясь к самым глубоким инстинктам Зентради.
Сила культуры и эмоций оказывается сильнее оружия. Флот Зентради прекращает огонь. Пришельцы, тронутые песней и открывшейся им правдой о своем происхождении, складывают оружие. Война заканчивается.

