Старт расследования
Команда «Тайной корпорации» — Шэгги (Мэттью Лиллард), Скуби-Ду, Фред (Фредди Принц-младший), Дафна (Сара Мишель Геллар) и Велма (Линда Карделлини) — посещают выставку в музее Кулсвиля. Экспозиция посвящена их прошлым победам над монстрами.Во время торжества появляется загадочный злодей в чёрной мантии, который активирует машину, создающую оживших монстров-реплик. Первыми атакуют крылатый Птеродактиль и Чёрный Рыцарь. Город погружается в хаос.
Новые угрозы и подозрения
Герои начинают расследование, обнаруживая связь атак с лабораторией доктора Джонатана Джейкобо (Питер Бойл). Учёный когда-то создавал технологии для оживления существ, но позже уничтожил свои наработки.Тем временем пресса обвиняет команду в некомпетентности. Шэгги и Скуби, чувствуя давление, решают действовать самостоятельно. Они проникают в закрытый архив музея, где натыкаются на гигантского Тар-монстра.
Раскол в команде
После неудачной попытки поймать злодея, Фред, Дафна и Велма начинают сомневаться в методах Шэгги и Скуби. Велма анализирует улики и приходит к выводу, что предатель может быть среди их близких.Под подозрение попадает куратор музея Джереми (Сет Грин), который странно себя ведёт. Параллельно монстры атакуют город: появляются Ледяной Голем и десятиголовый дракон, угрожая уничтожить Кулсвиль.
Разгадка технологии
Велма расшифровывает записи доктора Джейкобо, понимая, что машина для создания монстров использует ДНК-матрицы. Для остановки монстров нужен оригинальный кристалл-контроллер, украденный злодеем.Шэгги и Скуби, переодевшись в монстров, проникают в логово антагониста. Там они обнаруживают, что злодей — это Патрик Вайзли (Тим Блейк Нельсон), бывший ассистент Джейкобо, мечтающий отомстить городу за насмешки.
Финальная битва
Патрик активирует гигантского робо-птеродактиля, который начинает разрушать Кулсвиль. Команда объединяется, чтобы отвлечь монстра. Велма и Джереми (оказавшийся союзником) деактивируют машину, используя кристалл.Шэгги и Скуби, преодолев страх, запутывают робота в проводах, вызывая его взрыв. Патрик арестован, а город празднует победу. В эпилоге герои восстанавливают музей, шутя над своими страхами.
