Пролог
Подросток Джейкоб Портман из Флориды с детства слушает сказки деда о приюте для «особенных» детей. Дед демонстрирует старые фото: девочка с камнем, невесомая девушка, невидимый мальчик. После трагической гибели деда от рук таинственного существа Джейкоб отправляется на остров Кэрнхольм в Уэльсе, чтобы найти правду.
Знакомство с петлей времени
На острове Джейкоб обнаруживает разрушенный дом Мисс Перегрин. Через пещеру он попадает в 1943 год — в день, повторяющийся из-за временной петли. Мисс Перегрин, женщина-ястреб, охраняет детей с уникальными способностями. Эмма управляет воздухом, Оливия оживляет растения, Миллард невидим, а Бронвин обладает сверхсилой.
Угроза Голых
Джейкоб узнает, что дед был охотником на «Голых» — монстров, пожирающих особенных детей. Их лидер, учёный Бэррон, стремится стать бессмертным, крадя способности. Голые нападают на петлю, похищая Мисс Перегрин. Джейкоб обнаруживает свой дар — видеть монстров, скрытых от других.
Битва за петлю
Дети решают спасти Мисс Перегрин. Они отправляются в 2016 год, где Бэррон готовит ритуал с участием учёного-орнитолога. В цирке-ловушке Эмма и Джейкоб разрушают планы Голых. С помощью сил детей Бэррон побеждён, а Мисс Перегрин освобождена. Петля 1943 года разрушена, но герои создают новую — в 1908 году.
Финал
Джейкоб возвращается в своё время, но позже присоединяется к детям в их путешествии через временные петли. Эмма остаётся с ним, намекая на романтическую связь. Мисс Перегрин восстанавливает порядок, а дети продолжают скрываться от угроз.
Смысл фильма
Фильм исследует тему инаковости и поиска принадлежности. Через метафору «особенных» детей поднимаются вопросы принятия себя, страха общества перед непохожими и ценности семьи. Сюжет подчёркивает, что уникальность — не слабость, а сила, если её правильно направить. Временные петли символизируют циклы преодоления страхов и необходимость защиты хрупкого баланса между мирами.